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Reconstrução de morfologia neuronal a partir de imagens de microscopia - PIB12628-2023 - Processamento de imagens médicas na nuvem

Descrição

Este projeto tem como objetivo a reconstrução da morfologia neuronal a partir de imagens de microscopia. Utilizamos técnicas de processamento de imagens médicas na nuvem para realizar essa tarefa.

Requisitos

Recomendamos o uso do Miniforge3 para gerenciar os pacotes e ambientes virtuais. Você pode utilizar o mamba ou conda para instalar os pacotes necessários.

Instalação do Miniforge3

Siga as instruções no repositório Miniforge3 para instalar o Miniforge3 em seu sistema.

Criação do Ambiente Virtual

Você pode criar um novo ambiente virtual ou utilizar o ambiente base que já é criado durante a instalação do Miniforge3.

Instalação dos Pacotes

Para instalar os pacotes básicos necessários para rodar o código, execute o seguinte comando:

mamba install -c conda-forge opencv scikit-image scipy numpy pandas jupyterlab

ou

conda install -c conda-forge opencv scikit-image scipy numpy pandas jupyterlab

Execução

Comandos do Makefile

O Makefile contém alguns comandos úteis para executar e limpar o projeto:

• runmetric: Executa a métrica DiademMetric.
• clean: Remove arquivos de cache e checkpoints.
• runpypy: Executa o script Python usando PyPy.
• runpy: Executa o script Python usando Python.
• all: Executa o script Python e a métrica DiademMetric, salvando os resultados.

Exemplo de uso:

make runmetric
make clean
make runpy
make all

Info

Sobre o Package ip

O package ip contém diversos módulos para processamento de imagens, incluindo:

• binary.py: Funções para criação de imagens binárias.
• enhancement.py: Funções para aprimoramento de imagens.
• graph.py e graph_nx.py: Implementações de grafos para análise de imagens.
• ios.py: Funções para entrada e saída de imagens.
• swc.py: Manipulação de arquivos SWC.
• utils.py: Funções utilitárias diversas.

Neuronal morphology reconstruction from microscopy images - PIB12628-2023 - Medical image processing in the cloud

Description

This project aims to reconstruct neuronal morphology from microscopy images. We use cloud-based medical image processing techniques to achieve this task.

Requirements

We recommend using Miniforge3 to manage packages and virtual environments. You can use mamba or conda to install the necessary packages.

Miniforge3 Installation

Follow the instructions on the Miniforge3 repository to install Miniforge3 on your system.

Creating the Virtual Environment

You can create a new virtual environment or use the base environment that is created during the Miniforge3 installation.

Installing Packages

To install the basic packages needed to run the code, execute the following command:

mamba install -c conda-forge opencv scikit-image scipy numpy pandas jupyterlab

or

conda install -c conda-forge opencv scikit-image scipy numpy pandas jupyterlab

Running

Makefile Commands

The Makefile contains some useful commands to run and clean the project:

• runmetric: Runs the DiademMetric metric.
• clean: Removes cache and checkpoint files.
• runpypy: Runs the Python script using PyPy.
• runpy: Runs the Python script using Python.
• all: Runs the Python script and the DiademMetric metric, saving the results.

Usage example:

make runmetric
make clean
make runpy
make all

Info

About the ip Package

The ip package contains various modules for image processing, including:

• binary.py: Functions for creating binary images.
• enhancement.py: Functions for image enhancement.
• graph.py and graph_nx.py: Graph implementations for image analysis.
• ios.py: Functions for image input and output.
• swc.py: SWC file manipulation.
• utils.py: Various utility functions.