SEMANTIAR · Anotador SNOMED CT

Interfaz web (Angular) para anotar textos clínicos con códigos de SNOMED CT, usando el buscador embebido (autocomplete-binding) restringido por jerarquía.

Pensada para el flujo de calibración de anotadores del proyecto SEMANTIAR (corpus clínico en español rioplatense).

📄 Descripción técnica detallada (integración con el servidor de terminología, autocompletado, búsqueda multi-prefijo, FHIR API): docs/IMPLEMENTACION.md.

Flujo de Trabajo

1. Cargar JSON con los textos a anotar (o Ejemplo para probar con los 15 casos de calibración incluidos).
2. Reanudar progreso: Si el archivo JSON ya contiene anotaciones de una sesión anterior, se recuperan automáticamente. La aplicación informa el progreso consolidado y permite saltar directamente al primer caso pendiente usando el botón "Ir al pendiente".
3. Completar las anotaciones: Por cada caso, seleccionar la categoría (jerarquía de SNOMED), buscar y seleccionar el código correspondiente, y completar el texto literal y el contexto clínico (Polaridad, Certeza, Temporalidad, Sujeto).
4. Descargar resultado: Genera un JSON que incluye el trabajo realizado. Si la anotación no está terminada, el anotador puede descargar el archivo, cerrar el navegador y cargarlo nuevamente en otra sesión para continuar.
5. Auditoría de Esfuerzo: Cada ciclo de carga y descarga queda registrado en los metadatos internos del archivo (_meta), lo que permite realizar análisis del esfuerzo de anotación (tiempos, pausas y sesiones requeridas).

Formato de entrada (JSON)

{
  "project": "SEMANTIAR - ...",
  "batch": "CALIBRACIÓN_ANOTADOR",
  "annotatorId": "A048",
  "sourceFile": "SEMANTIAR_CAL_A048.xlsx",
  "cases": [
    { "id": "CAL-001", "text": "Paciente con fiebre, tos productiva..." }
  ]
}

Solo cases[].id y cases[].text son obligatorios. El ejemplo (public/example-input.json) se generó a partir de SEMANTIAR_CAL_A048.xlsx.

Formato de salida (JSON)

Igual que la entrada + metadatos de exportación, un array concepts[] por cada caso y el objeto de auditoría _meta que rastrea las sesiones de trabajo. Los bloques de concepto vacíos se descartan al exportar.

{
  "project": "SEMANTIAR - ...",
  "batch": "CALIBRACIÓN_ANOTADOR",
  "annotatorId": "A048",
  "sourceFile": "SEMANTIAR_CAL_A048.xlsx",
  "exportedAt": "2026-07-09T09:30:00.000Z",
  "terminologyServer": "https://implementation-demo.snomedtools.org/fhir",
  "editionUri": "http://snomed.info/sct",
  "cases": [
    {
      "id": "CAL-001",
      "text": "Paciente con fiebre, ...",
      "concepts": [
        {
          "cat": "Hallazgo clínico",
          "sctid": "386661006",
          "term": "Fever",
          "textoLiteral": "fiebre",
          "pol": "Activo",
          "cert": "Confirmado",
          "temp": "Actual",
          "suj": "Paciente"
        }
      ],
      "comentarios": ""
    }
  ],
  "_meta": {
    "sessions": [
      {
        "action": "upload",
        "timestamp": "2026-07-09T09:10:00.000Z",
        "annotatedCount": 0,
        "totalCases": 15
      },
      {
        "action": "download",
        "timestamp": "2026-07-09T09:25:00.000Z",
        "annotatedCount": 8,
        "totalCases": 15
      },
      {
        "action": "upload",
        "timestamp": "2026-07-09T09:28:00.000Z",
        "annotatedCount": 8,
        "totalCases": 15
      },
      {
        "action": "download",
        "timestamp": "2026-07-09T09:30:00.000Z",
        "annotatedCount": 15,
        "totalCases": 15
      }
    ],
    "totalDownloads": 2,
    "firstLoadedAt": "2026-07-09T09:10:00.000Z",
    "completedAt": "2026-07-09T09:30:00.000Z"
  }
}

Análisis del esfuerzo y auditoría (_meta)

El objeto _meta viaja encapsulado dentro del propio archivo JSON. Esto permite a los investigadores analizar retrospectivamente:

• Sesiones de trabajo: La cantidad de veces que el archivo fue cargado (upload) y descargado (download).
• Progreso por sesión: El número de casos anotados al inicio y al final de cada sesión (annotatedCount).
• Tiempos de ejecución: Fecha/hora precisa de la primera carga (firstLoadedAt) y de la finalización total (completedAt).

Este historial puede ser inspeccionado en vivo en la aplicación haciendo clic en el botón de estadísticas (📊) de la barra superior.

Categorías → jerarquía SNOMED (ECL)

La búsqueda se restringe a la jerarquía elegida (root concepts verificados vía $lookup):

Categoría	ECL
Hallazgo clínico	<<404684003
Procedimiento	<<71388002
Fármaco	<<373873005

Nota: por ahora solo están habilitados estos 3 dominios. Sustancia, Estructura corporal y Organismo quedaron fuera (se pueden reactivar en CATEGORIES).

Servidor de terminología

Un único servidor para dev y prod: SnowstormX demo (https://implementation-demo.snomedtools.org/fhir), definido en src/environments/. Configurable en vivo desde la barra Configuración de terminología.

Detección automática de edición

Al iniciar (y con el botón Re-detectar edición), la app consulta el CodeSystem del servidor y elige:

• Argentina (http://snomed.info/sct/11000221109) si está presente → búsqueda en español.
• Internacional (http://snomed.info/sct) como fallback → búsqueda en inglés.

La edición activa se muestra como badge en el panel de configuración. Cuando se cargue la edición argentina en el servidor, la app la usará automáticamente sin cambios de código.

Desarrollo

npm start                 # http://localhost:4200 (o 4270 vía launch.json)
npm run build             # build de desarrollo
npm run build:pages       # build de producción para GitHub Pages (base-href ./ + .nojekyll)

El componente src/app/bindings/autocomplete-binding está portado del sct-implementation-demonstrator (convertido a standalone) y consume un TerminologyService mínimo (src/app/services/terminology.service.ts).