Kinetic-Drive/index.html at main · ebalderasr/Kinetic-Drive · GitHub

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        <div class="hc-header-text">
          <div class="hc-title-line">
            <h1 id="heroTitle">Kinetic Drive</h1>
            <p id="heroLead" class="hc-tagline">Recurso interactivo para enseñar cinética y estequiometría en cultivos en lote y lote alimentado</p>
          </div>
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    <div class="hc-subheader-inner">
      <div class="segmented-control" role="navigation" aria-label="Secciones">
        <button id="navBatch" class="seg-btn active" type="button">🧪 <span id="navBatchLabel">Lote</span></button>
        <button id="navFed" class="seg-btn" type="button">🧫 <span id="navFedLabel">Lote alimentado</span></button>
        <button id="navCompare" class="seg-btn" type="button">∫ <span id="navCompareLabel">IVCD</span></button>
      </div>
    </div>
  </div>

  <main class="mx-auto max-w-7xl px-4 sm:px-6 lg:px-8 py-6 space-y-8">
    <section id="seccion-lote" class="module-shell module-shell-teaching space-y-6 is-active">
      <div class="section-band">
        <div>
          <div id="section1Chip" class="chip chip-indigo">Sección 1 · Lote</div>
          <h2 id="section1Title" class="mt-3 text-xl font-black tracking-tight sm:text-2xl">Cálculos en cultivo en lote</h2>
          <p id="section1Lead" class="mt-1 text-sm leading-relaxed max-w-3xl" style="color:var(--secondary-label);">Esta sección usa <code>Datos_lote.csv</code>. La primera fila del archivo se ignora como metadato y todas las tasas se calculan con base en concentración e IVCD, como en un cultivo sin alimentación.</p>
        </div>
      </div>

      <div class="card interval-selector">
        <div>
          <div class="interval-title">
            <span style="font-size:1.2rem;">🧪</span>
            <span id="batchSelectorTitle">Intervalo de lote</span>
          </div>
          <p id="batchSelectorDesc" class="interval-desc">Selecciona cualquier tramo del cultivo en lote para calcular μ, IVCD, qGlc, qLac, qP y rendimientos aparentes.</p>
        </div>

        <div class="mt-4 space-y-3">
          <div class="interval-row">
            <span id="startRowLabel" class="interval-row-label">Inicio</span>
            <div id="startBtnRow" class="flex flex-wrap gap-2"></div>
          </div>
          <div class="interval-row">
            <span id="endRowLabel" class="interval-row-label">Fin</span>
            <div id="endBtnRow" class="flex flex-wrap gap-2"></div>
          </div>
        </div>

        <div class="mt-5 grid gap-3 grid-cols-2 sm:grid-cols-3">
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelDt" class="label">Δt</div><div id="deltaTimeOut" class="value mono">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelMu" class="label">μ</div><div id="muOut" class="value mono" style="color:#1A8A3A;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelIvcd" class="label">IVCD</div><div id="ivcdOutCompact" class="value mono" style="color:#0066CC;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelQglc" class="label">qGlc</div><div id="qGlcOut" class="value mono" style="color:#C75300;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelQLac" class="label">qLac</div><div id="qLacOut" class="value mono" style="color:#5AC8FA;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="mLabelQp" class="label">qP</div><div id="qPOut" class="value mono" style="color:#C0003C;">—</div></div>
        </div>
        <p id="intervalExampleNote" class="inline-note mt-4">El lote se interpreta completamente con cambios de concentración e IVCD trapezoidal.</p>
      </div>

      <div class="grid gap-6 lg:grid-cols-2">
        <section class="card p-4">
          <div class="flex items-start justify-between gap-3">
            <div>
              <h3 id="plot1Title" class="text-lg font-black">Curva de crecimiento e IVCD</h3>
              <p id="plot1Lead" class="subtle mt-1">El área sombreada corresponde al intervalo activo del cultivo en lote.</p>
            </div>
            <div class="flex items-center gap-2 flex-shrink-0">
              <button id="dataLinearBtn" class="btn btn-glass btn-sm btn-scale-active" type="button">Xv lineal</button>
              <button id="dataLogBtn" class="btn btn-glass btn-sm" type="button">Xv log</button>
            </div>
          </div>
          <div id="growthPlotData" class="plot-box mt-4"></div>
        </section>

        <section class="card p-4">
          <div>
            <h3 id="plot2Title" class="text-lg font-black">Sustratos y producto</h3>
            <p id="plot2Lead" class="subtle mt-1">Glucosa, lactato y producto se mantienen sincronizados con la referencia temporal del crecimiento.</p>
          </div>
          <div id="metPlotData" class="plot-box mt-4"></div>
        </section>
      </div>

      <section class="card p-5 sm:p-6" id="formulas">
        <div class="flex flex-col gap-2 sm:flex-row sm:items-end sm:justify-between">
          <div>
            <h2 id="formulaMainTitle" class="section-title">Cómo se calcula en lote</h2>
            <p id="formulaMainLead" class="section-copy mt-2 max-w-4xl">En lote, cada intervalo se interpreta con base en concentración. La normalización se hace con IVCD y no se requieren datos de volumen.</p>
          </div>
          <div id="formulaChip" class="chip chip-indigo" style="flex-shrink:0;">Base concentración + IVCD</div>
        </div>

        <div class="mt-6 grid gap-4 lg:grid-cols-2">
          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#3634A3;"><span id="muTitle">Crecimiento específico</span></div>
            <p id="muLead" class="formula-sub">μ siempre se calcula con densidad celular viable, no con conteo total.</p>
            <div class="equation">$$\mu=\frac{\ln(X_{v,2}/X_{v,1})}{\Delta t}$$</div>
            <p id="muExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#0062CC;"><span id="ivcdTitle">IVCD trapezoidal</span></div>
            <p id="ivcdLead" class="formula-sub">En lote, el normalizador de las tasas específicas es la densidad celular viable integral.</p>
            <div class="equation">$$IVCD_{\Delta t}\approx\sum_i \left(\frac{X_{v,i}+X_{v,i+1}}{2}\right)(t_{i+1}-t_i)$$</div>
            <p id="ivcdExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#C75300;"><span id="qglcTitle">Consumo y producción específicos</span></div>
            <p id="qglcLead" class="formula-sub">En lote, qGlc, qLac y qP se calculan directamente a partir del cambio de concentración dividido entre IVCD.</p>
            <div class="equation">$$q_{Glc}=\frac{Glc_1-Glc_2}{IVCD_{\Delta t}},\qquad q_{Lac}=\frac{Lac_2-Lac_1}{IVCD_{\Delta t}},\qquad q_{P}=\frac{P_2-P_1}{IVCD_{\Delta t}}$$</div>
            <p id="qGlcExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
            <p id="qPExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#C0003C;"><span id="yieldTitle">Rendimientos aparentes</span></div>
            <p id="yieldLead" class="formula-sub">Los rendimientos en lote se leen como aparentes respecto a glucosa.</p>
            <div class="equation">$$Y_{X/Glc}\approx\frac{X_{v,2}-X_{v,1}}{Glc_1-Glc_2},\qquad Y_{P/Glc}\approx\frac{P_2-P_1}{Glc_1-Glc_2}$$</div>
            <p id="yieldExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>
        </div>
      </section>

      <section class="card p-5 sm:p-6">
        <div class="flex flex-col gap-2 sm:flex-row sm:items-end sm:justify-between">
          <div>
            <h2 id="tableTitle" class="section-title">Tabla de intervalos en lote</h2>
            <p id="tableLead" class="section-copy mt-2 max-w-4xl">Cada fila resume un intervalo consecutivo del dataset <code>Datos_lote.csv</code>.</p>
          </div>
          <button id="csvBtn" class="btn btn-glass" type="button">Descargar CSV</button>
        </div>
        <div class="table-wrap mt-5">
          <table>
            <thead>
              <tr>
                <th id="thInterval">Intervalo</th>
                <th id="thXv1">Xv1</th>
                <th id="thXv2">Xv2</th>
                <th id="thGlc1">Glc1 (mM)</th>
                <th id="thGlc2">Glc2 (mM)</th>
                <th id="thLac1">Lac1 (mM)</th>
                <th id="thLac2">Lac2 (mM)</th>
                <th id="thP1">P1 (mg/L)</th>
                <th id="thP2">P2 (mg/L)</th>
                <th id="thDt">Δt (d)</th>
                <th id="thMu">μ (h⁻¹)</th>
                <th id="thIvcd">IVCDΔ</th>
                <th id="thQglc">qGlc</th>
                <th id="thQlac">qLac</th>
                <th id="thQp">qP</th>
                <th id="thYx">Yx/Glc</th>
                <th id="thYp">Yp/Glc</th>
              </tr>
            </thead>
            <tbody id="tableBody"></tbody>
          </table>
        </div>
      </section>
    </section>

    <section id="seccion-fed" class="module-shell module-shell-sim space-y-6">
      <div class="section-band">
        <div>
          <div id="section2Chip" class="chip chip-blue">Sección 2 · Lote alimentado</div>
          <h2 id="section2Title" class="mt-3 text-xl font-black tracking-tight sm:text-2xl">Cálculos en lote alimentado</h2>
          <p id="section2Lead" class="mt-1 text-sm leading-relaxed max-w-3xl" style="color:var(--secondary-label);">Esta sección usa <code>Datos_lote_alimentado.csv</code>. Los intervalos <code>FALSE → TRUE</code> se excluyen porque reflejan la adición de alimento. Antes del primer feed se usa concentración e IVCD; después del feed, el método correcto cambia a masas totales e ITVC.</p>
        </div>
      </div>

      <div class="card interval-selector">
        <div class="flex items-start justify-between gap-3">
          <div>
            <div class="interval-title">
              <span style="font-size:1.2rem;">🧫</span>
              <span id="fedSelectorTitle">Intervalo de lote alimentado</span>
            </div>
            <p id="fedSelectorLead" class="interval-desc">Selecciona inicio y fin del intervalo. El sistema detecta automáticamente el método según la etapa del cultivo.</p>
          </div>
          <div id="fedModeChip" class="chip chip-indigo" style="flex-shrink:0;">—</div>
        </div>

        <div class="mt-4 space-y-3">
          <div class="interval-row">
            <span id="fedStartLabel" class="interval-row-label">Inicio</span>
            <div id="fedStartBtnRow" class="flex flex-wrap gap-2"></div>
          </div>
          <div class="interval-row">
            <span id="fedEndLabel" class="interval-row-label">Fin</span>
            <div id="fedEndBtnRow" class="flex flex-wrap gap-2"></div>
          </div>
        </div>

        <div class="mt-5 grid gap-3 grid-cols-2 sm:grid-cols-3">
          <div class="metric-compact"><div id="fedLabelDt" class="label">Δt</div><div id="fedDeltaTimeOut" class="value mono">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="fedMetricMu" class="label">μ</div><div id="fedMuOut" class="value mono" style="color:#1A8A3A;">—</div></div>
          <div class="metric-compact">
            <div id="fedMetricIvcd" class="label">IVCD</div>
            <div id="fedIvcdOut" class="value mono" style="color:#0066CC;">—</div>
            <div id="fedItvcSub" style="display:none; margin-top:8px; padding-top:8px; border-top:1px solid rgba(60,60,67,0.12);">
              <div id="fedMetricItvc" class="label" style="font-size:9.5px;">ITVC</div>
              <div id="fedItvcOut" class="value mono" style="color:#5856D6; font-size:0.82rem;">—</div>
            </div>
          </div>
          <div class="metric-compact"><div id="fedMetricQglc" class="label">qGlc</div><div id="fedQGlcOut" class="value mono" style="color:#C75300;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="fedMetricQlac" class="label">qLac</div><div id="fedQLacOut" class="value mono" style="color:#5AC8FA;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="fedMetricQp" class="label">qP</div><div id="fedQPOut" class="value mono" style="color:#C0003C;">—</div></div>
        </div>

        <p id="fedExplainNote" class="inline-note mt-4">—</p>
      </div>

      <div class="grid gap-6 lg:grid-cols-2">
        <section class="card p-4">
          <div>
            <h3 id="fedPlot1Title" class="text-lg font-black">Crecimiento y eventos de feed</h3>
            <p id="fedPlot1Lead" class="subtle mt-1">Los puntos post-feed se marcan para que se vea qué tramos deben excluirse y cuáles deben cambiar a balance de masa.</p>
          </div>
          <div id="fedGrowthPlot" class="plot-box mt-4"></div>
        </section>

        <section class="card p-4">
          <div>
            <h3 id="fedPlot2Title" class="text-lg font-black">Metabolitos y producto en lote alimentado</h3>
            <p id="fedPlot2Lead" class="subtle mt-1">Las líneas verticales indican puntos de post-feed. Ahí no se interpreta la caída o subida de concentración como actividad celular pura.</p>
          </div>
          <div id="fedMetPlot" class="plot-box mt-4"></div>
        </section>
      </div>

      <section class="card p-5 sm:p-6">
        <div class="flex flex-col gap-2 sm:flex-row sm:items-end sm:justify-between">
          <div>
            <h2 id="fedFormulaTitle" class="section-title">Cómo se calcula en lote alimentado</h2>
            <p id="fedFormulaLead" class="section-copy mt-2 max-w-4xl">El método depende del momento del cultivo. Antes del primer feed: concentración + IVCD. Después del feed: masas totales + ITVC para separar el efecto biológico de la dilución.</p>
          </div>
          <div id="fedFormulaChip" class="chip chip-blue" style="flex-shrink:0;">Masas totales + ITVC</div>
        </div>

        <div class="mt-6 grid gap-4 lg:grid-cols-2">
          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#3634A3;"><span id="fedFMuTitle">Crecimiento específico</span></div>
            <p id="fedFMuLead" class="formula-sub">μ se calcula igual que en lote: logaritmo de la razón de densidades viables dividido entre el tiempo.</p>
            <div class="equation">$$\mu=\frac{\ln(X_{v,2}/X_{v,1})}{\Delta t}$$</div>
            <p id="fedFMuExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#0062CC;"><span id="fedFNormTitle">Integración de células totales</span></div>
            <p id="fedFNormLead" class="formula-sub">Post-feed, el normalizador es la integral trapezoidal de las células totales (TC = Xv · V).</p>
            <div class="equation">$$TC = X_v \cdot V,\qquad ITVC\approx\frac{TC_1+TC_2}{2}\,\Delta t$$</div>
            <p id="fedFNormExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#C75300;"><span id="fedFQTitle">Tasas específicas</span></div>
            <p id="fedFQLead" class="formula-sub">Pre-feed usa concentración + IVCD; post-feed usa masas totales (M = C · V/1000) + ITVC.</p>
            <div class="equation">$$q_i=\frac{\Delta M_i}{\Delta ITVC}\quad\text{(post-feed)},\qquad q_i=\frac{\Delta C_i}{IVCD}\quad\text{(pre-feed)}$$</div>
            <p id="fedFQExplain" class="mt-3 text-sm leading-7 mono" style="color:var(--label);"></p>
          </article>

          <article class="formula-card">
            <div class="formula-title" style="color:#C0003C;"><span id="fedExplainTitle">Lectura del intervalo activo</span></div>
            <p id="fedExplainLead" class="formula-sub">El cálculo completo con los valores del intervalo seleccionado.</p>
            <div id="fedExplain" class="mt-3 space-y-3"></div>
          </article>
        </div>
      </section>

      <section class="card p-5 sm:p-6">
        <div>
          <h2 id="fedTableTitle" class="section-title">Auditoría de intervalos en lote alimentado</h2>
          <p id="fedTableLead" class="section-copy mt-2 max-w-4xl">La tabla muestra qué intervalos se usan, cuáles se excluyen por feed y cuáles cambian a balance de masa después de la alimentación.</p>
        </div>
        <div class="table-wrap mt-5">
          <table>
            <thead>
              <tr>
                <th id="fedThInterval">Intervalo</th>
                <th id="fedThStatus">Estado</th>
                <th id="fedThMethod">Método</th>
                <th id="fedThMu">μ (h⁻¹)</th>
                <th id="fedThNote">Nota</th>
              </tr>
            </thead>
            <tbody id="fedTableBody"></tbody>
          </table>
        </div>
      </section>
    </section>

    <section id="seccion-compare" class="module-shell module-shell-sim space-y-6">
      <div class="section-band">
        <div>
          <div id="section3Chip" class="chip chip-blue">Sección 3 · Comparación de IVCD</div>
          <h2 id="section3Title" class="mt-3 text-xl font-black tracking-tight sm:text-2xl">IVCD trapezoidal vs IVCD logarítmico</h2>
          <p id="section3Lead" class="mt-1 text-sm leading-relaxed max-w-3xl" style="color:var(--secondary-label);">El área bajo la curva de crecimiento se puede estimar con la regla trapezoidal o con la integral analítica exacta bajo crecimiento exponencial. Esta sección muestra cuánto difieren ambos métodos sobre los datos reales de lote y explica de dónde viene la forma logarítmica.</p>
        </div>
      </div>

      <section class="card p-4">
        <h3 id="logIvcdPlotTitle" class="text-lg font-black">IVCD acumulada sobre los datos de lote</h3>
        <p id="logIvcdPlotLead" class="subtle mt-1">La línea punteada verde usa la regla trapezoidal; la sólida azul usa la media logarítmica exacta. El área sombreada es el intervalo activo seleccionado en Sección 1.</p>
        <div id="comparePlot" class="plot-box mt-4"></div>
      </section>

      <section class="card p-4 sm:p-5">
        <h3 id="compareTitle" class="text-lg font-black">Valores del intervalo activo (Sección 1 · Lote)</h3>
        <div class="mt-4 grid gap-3 grid-cols-2 lg:grid-cols-4">
          <div class="metric-compact"><div id="compareMetric1" class="label">IVCD trapezoidal</div><div id="trapIvcdOut" class="value mono" style="color:#1A8A3A;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="compareMetric2" class="label">IVCD logarítmico</div><div id="logIvcdOut" class="value mono" style="color:#0066CC;">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="compareMetric3" class="label">Media logarítmica</div><div id="logMeanOut" class="value mono" style="color:var(--sys-indigo);">—</div></div>
          <div class="metric-compact"><div id="compareMetric4" class="label">Diferencia relativa</div><div id="ivcdDiffOut" class="value mono" style="color:#C75300;">—</div></div>
        </div>
        <p id="logIvcdCompare" class="subtle mt-3"></p>
      </section>

      <div class="grid gap-4 lg:grid-cols-2">
        <div class="card p-4">
          <h3 id="logIvcdHowTitle" class="text-lg font-black">Forma exacta bajo crecimiento exponencial</h3>
          <div class="mt-4 space-y-4">
            <div class="equation">$$X(t)=X_0\,e^{\mu(t-t_0)}$$</div>
            <div class="equation">$$IVCD=\int_{t_0}^{t_1}\!X(t)\,dt=\frac{X_1-X_0}{\ln(X_1/X_0)}\,\Delta t$$</div>
          </div>
          <p id="logIvcdHowCopy" class="subtle mt-4">La expresión analítica equivale a la media logarítmica de <code>X₀</code> y <code>X₁</code> multiplicada por la duración del intervalo.</p>
        </div>

        <div class="card p-4">
          <h3 id="logIvcdExplainTitle" class="text-lg font-black">Sustitución numérica — intervalo activo</h3>
          <p id="logIvcdExplainLead" class="subtle mt-1">Ambos métodos aplicados a los valores del intervalo seleccionado en Sección 1.</p>
          <div id="logIvcdExplain" class="mt-4 space-y-3"></div>
        </div>
      </div>
    </section>
  </main>

  <footer class="hc-footer">
    <div class="hc-footer-inner">
      <div class="hc-footer-suite">
        <span class="hc-footer-name">HostCell Lab Suite</span>
        <span class="hc-footer-slogan">Practical tools for high-performance biotechnology</span>
      </div>
      <span class="hc-footer-author">© Emiliano Balderas Ramírez</span>
      <a href="https://github.com/ebalderasr/Kinetic-Drive.git" class="hc-footer-github" target="_blank" rel="noopener noreferrer">
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