Version info
- bcbio version (
bcbio_nextgen.py --version): 1.2.9
- OS name and version (
lsb_release -ds):
- Ubuntu 18.04
- Ubuntu 20.04 (WSL2)
- Ubuntu 22.04 (WSL2)
To Reproduce
Exact bcbio command you have used:
wget https://raw.githubusercontent.com/bcbio/bcbio-nextgen/master/scripts/bcbio_nextgen_install.py
python bcbio_nextgen_install.py /usr/local/share/bcbio --tooldir=/usr/local \
--genomes hg38 --aligners bwa --aligners bowtie2
and
export PATH=/bcbio_installation/anaconda/bin:/bcbio_installation/tools/bin:$PATH
wget https://raw.github.com/bcbio/bcbio-nextgen/master/scripts/bcbio_nextgen_install.py
python3 bcbio_nextgen_install.py [bcbio_path] --tooldir=[bcbio_path]/tools --nodata --mamba
Your yaml configuration file:
Log files (could be found in work/log)
Checking required dependencies
Installing isolated base python installation
--2024-07-14 16:34:15-- https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.10.3-Linux-x86_64.sh
Resolving repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)... 104.16.191.158, 104.16.32.241, 2606:4700::6810:20f1, ...
Connecting to repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)|104.16.191.158|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 89026327 (85M) [application/x-sh]
Saving to: ‘Miniconda3-py37_4.10.3-Linux-x86_64.sh’
0K ........ ........ ........ ........ 37% 107M 0s
32768K ........ ........ ........ ........ 75% 110M 0s
65536K ........ ........ .... 100% 112M=0.8s
2024-07-14 16:34:16 (109 MB/s) - ‘Miniconda3-py37_4.10.3-Linux-x86_64.sh’ saved [89026327/89026327]
PREFIX=/usr/local/share/bcbio/anaconda
Unpacking payload ...
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /usr/local/share/bcbio/anaconda
added / updated specs:
- _libgcc_mutex==0.1=main
- _openmp_mutex==4.5=1_gnu
- brotlipy==0.7.0=py37h27cfd23_1003
- ca-certificates==2021.7.5=h06a4308_1
- certifi==2021.5.30=py37h06a4308_0
- cffi==1.14.6=py37h400218f_0
- chardet==4.0.0=py37h06a4308_1003
- conda-package-handling==1.7.3=py37h27cfd23_1
- conda==4.10.3=py37h06a4308_0
- cryptography==3.4.7=py37hd23ed53_0
- idna==2.10=pyhd3eb1b0_0
- ld_impl_linux-64==2.35.1=h7274673_9
- libffi==3.3=he6710b0_2
- libgcc-ng==9.3.0=h5101ec6_17
- libgomp==9.3.0=h5101ec6_17
- libstdcxx-ng==9.3.0=hd4cf53a_17
- ncurses==6.2=he6710b0_1
- openssl==1.1.1k=h27cfd23_0
- pip==21.1.3=py37h06a4308_0
- pycosat==0.6.3=py37h27cfd23_0
- pycparser==2.20=py_2
- pyopenssl==20.0.1=pyhd3eb1b0_1
- pysocks==1.7.1=py37_1
- python==3.7.10=h12debd9_4
- readline==8.1=h27cfd23_0
- requests==2.25.1=pyhd3eb1b0_0
- ruamel_yaml==0.15.100=py37h27cfd23_0
- setuptools==52.0.0=py37h06a4308_0
- six==1.16.0=pyhd3eb1b0_0
- sqlite==3.36.0=hc218d9a_0
- tk==8.6.10=hbc83047_0
- tqdm==4.61.2=pyhd3eb1b0_1
- urllib3==1.26.6=pyhd3eb1b0_1
- wheel==0.36.2=pyhd3eb1b0_0
- xz==5.2.5=h7b6447c_0
- yaml==0.2.5=h7b6447c_0
- zlib==1.2.11=h7b6447c_3
The following NEW packages will be INSTALLED:
_libgcc_mutex pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main
_openmp_mutex pkgs/main/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu
brotlipy pkgs/main/linux-64::brotlipy-0.7.0-py37h27cfd23_1003
ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2021.7.5-h06a4308_1
certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2021.5.30-py37h06a4308_0
cffi pkgs/main/linux-64::cffi-1.14.6-py37h400218f_0
chardet pkgs/main/linux-64::chardet-4.0.0-py37h06a4308_1003
conda pkgs/main/linux-64::conda-4.10.3-py37h06a4308_0
conda-package-han~ pkgs/main/linux-64::conda-package-handling-1.7.3-py37h27cfd23_1
cryptography pkgs/main/linux-64::cryptography-3.4.7-py37hd23ed53_0
idna pkgs/main/noarch::idna-2.10-pyhd3eb1b0_0
ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-h7274673_9
libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_2
libgcc-ng pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h5101ec6_17
libgomp pkgs/main/linux-64::libgomp-9.3.0-h5101ec6_17
libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-hd4cf53a_17
ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.2-he6710b0_1
openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1k-h27cfd23_0
pip pkgs/main/linux-64::pip-21.1.3-py37h06a4308_0
pycosat pkgs/main/linux-64::pycosat-0.6.3-py37h27cfd23_0
pycparser pkgs/main/noarch::pycparser-2.20-py_2
pyopenssl pkgs/main/noarch::pyopenssl-20.0.1-pyhd3eb1b0_1
pysocks pkgs/main/linux-64::pysocks-1.7.1-py37_1
python pkgs/main/linux-64::python-3.7.10-h12debd9_4
readline pkgs/main/linux-64::readline-8.1-h27cfd23_0
requests pkgs/main/noarch::requests-2.25.1-pyhd3eb1b0_0
ruamel_yaml pkgs/main/linux-64::ruamel_yaml-0.15.100-py37h27cfd23_0
setuptools pkgs/main/linux-64::setuptools-52.0.0-py37h06a4308_0
six pkgs/main/noarch::six-1.16.0-pyhd3eb1b0_0
sqlite pkgs/main/linux-64::sqlite-3.36.0-hc218d9a_0
tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.10-hbc83047_0
tqdm pkgs/main/noarch::tqdm-4.61.2-pyhd3eb1b0_1
urllib3 pkgs/main/noarch::urllib3-1.26.6-pyhd3eb1b0_1
wheel pkgs/main/noarch::wheel-0.36.2-pyhd3eb1b0_0
xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0
yaml pkgs/main/linux-64::yaml-0.2.5-h7b6447c_0
zlib pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7b6447c_3
Preparing transaction: done
Executing transaction: done
installation finished.
Installing conda
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.10.3
latest version: 24.5.0
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /usr/local/share/bcbio/anaconda
added / updated specs:
- conda
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
ca-certificates-2024.7.4 | hbcca054_0 151 KB conda-forge
certifi-2024.7.4 | pyhd8ed1ab_0 156 KB conda-forge
conda-4.14.0 | py37h89c1867_0 1010 KB conda-forge
openssl-1.1.1w | h7f8727e_0 3.7 MB
python_abi-3.7 | 2_cp37m 4 KB conda-forge
toolz-0.12.1 | pyhd8ed1ab_0 51 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 5.1 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
python_abi conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-2_cp37m
toolz conda-forge/noarch::toolz-0.12.1-pyhd8ed1ab_0
The following packages will be UPDATED:
ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ --> conda-forge::ca-certificates-2024.7.4-hbcca054_0
certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2021.5.30~ --> conda-forge/noarch::certifi-2024.7.4-pyhd8ed1ab_0
conda pkgs/main::conda-4.10.3-py37h06a4308_0 --> conda-forge::conda-4.14.0-py37h89c1867_0
openssl 1.1.1k-h27cfd23_0 --> 1.1.1w-h7f8727e_0
Downloading and Extracting Packages
python_abi-3.7 | 4 KB | ######################################################################################################################### | 100%
certifi-2024.7.4 | 156 KB | ######################################################################################################################### | 100%
ca-certificates-2024 | 151 KB | ######################################################################################################################### | 100%
conda-4.14.0 | 1010 KB | ######################################################################################################################### | 100%
openssl-1.1.1w | 3.7 MB | ######################################################################################################################### | 100%
toolz-0.12.1 | 51 KB | ######################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Installing conda-build
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /usr/local/share/bcbio/anaconda
added / updated specs:
- conda-build
- mamba=0.24.0
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_libgcc_mutex-0.1 | conda_forge 3 KB conda-forge
_openmp_mutex-4.5 | 2_kmp_llvm 6 KB conda-forge
beautifulsoup4-4.12.3 | pyha770c72_0 115 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 | h4bc722e_6 248 KB conda-forge
c-ares-1.32.1 | h4bc722e_0 176 KB conda-forge
conda-22.9.0 | py37h89c1867_1 960 KB conda-forge
conda-build-3.22.0 | py37h89c1867_2 559 KB conda-forge
filelock-3.15.4 | pyhd8ed1ab_0 17 KB conda-forge
glob2-0.7 | py_0 11 KB conda-forge
icu-70.1 | h27087fc_0 13.5 MB conda-forge
jinja2-3.1.4 | pyhd8ed1ab_0 109 KB conda-forge
keyutils-1.6.1 | h166bdaf_0 115 KB conda-forge
krb5-1.20.1 | hf9c8cef_0 1.3 MB conda-forge
libarchive-3.5.2 | hb890918_3 1.6 MB conda-forge
libcurl-7.87.0 | h6312ad2_0 339 KB conda-forge
libedit-3.1.20191231 | he28a2e2_2 121 KB conda-forge
libev-4.33 | hd590300_2 110 KB conda-forge
libgcc-ng-14.1.0 | h77fa898_0 822 KB conda-forge
libiconv-1.17 | hd590300_2 689 KB conda-forge
liblief-0.12.2 | h27087fc_0 2.1 MB conda-forge
libmamba-0.24.0 | hd8a31e3_1 1.4 MB conda-forge
libmambapy-0.24.0 | py37h1ee4b26_1 276 KB conda-forge
libnghttp2-1.51.0 | hdcd2b5c_0 608 KB conda-forge
libsolv-0.7.29 | ha6fb4c9_0 460 KB conda-forge
libssh2-1.10.0 | haa6b8db_3 234 KB conda-forge
libstdcxx-ng-14.1.0 | hc0a3c3a_0 3.7 MB conda-forge
libxml2-2.9.14 | h22db469_4 771 KB conda-forge
libzlib-1.2.13 | h4ab18f5_6 60 KB conda-forge
llvm-openmp-18.1.7 | ha31de31_0 55.9 MB conda-forge
lz4-c-1.9.4 | hcb278e6_0 140 KB conda-forge
lzo-2.10 | hd590300_1001 167 KB conda-forge
mamba-0.24.0 | py37h6dacc13_1 45 KB conda-forge
markupsafe-2.1.1 | py37h540881e_1 22 KB conda-forge
openssl-1.1.1w | hd590300_0 1.9 MB conda-forge
patch-2.7.6 | h7f98852_1002 121 KB conda-forge
patchelf-0.17.2 | h58526e2_0 92 KB conda-forge
pkginfo-1.10.0 | pyhd8ed1ab_0 27 KB conda-forge
psutil-5.9.3 | py37h540881e_0 348 KB conda-forge
py-lief-0.12.2 | py37hd23a5d3_0 1.6 MB conda-forge
pybind11-abi-4 | hd8ed1ab_3 10 KB conda-forge
python-libarchive-c-4.0 | py37h89c1867_1 62 KB conda-forge
pytz-2024.1 | pyhd8ed1ab_0 184 KB conda-forge
pyyaml-6.0 | py37h540881e_4 178 KB conda-forge
reproc-14.2.4.post0 | hd590300_1 33 KB conda-forge
reproc-cpp-14.2.4.post0 | h59595ed_1 25 KB conda-forge
ripgrep-14.1.0 | he8a937b_0 1.6 MB conda-forge
soupsieve-2.3.2.post1 | pyhd8ed1ab_0 34 KB conda-forge
toml-0.10.2 | pyhd8ed1ab_0 18 KB conda-forge
yaml-cpp-0.7.0 | h59595ed_3 203 KB conda-forge
zlib-1.2.13 | h4ab18f5_6 91 KB conda-forge
zstd-1.5.6 | ha6fb4c9_0 542 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 93.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
beautifulsoup4 conda-forge/noarch::beautifulsoup4-4.12.3-pyha770c72_0
bzip2 conda-forge/linux-64::bzip2-1.0.8-h4bc722e_6
c-ares conda-forge/linux-64::c-ares-1.32.1-h4bc722e_0
conda-build conda-forge/linux-64::conda-build-3.22.0-py37h89c1867_2
filelock conda-forge/noarch::filelock-3.15.4-pyhd8ed1ab_0
glob2 conda-forge/noarch::glob2-0.7-py_0
icu conda-forge/linux-64::icu-70.1-h27087fc_0
jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-3.1.4-pyhd8ed1ab_0
keyutils conda-forge/linux-64::keyutils-1.6.1-h166bdaf_0
krb5 conda-forge/linux-64::krb5-1.20.1-hf9c8cef_0
libarchive conda-forge/linux-64::libarchive-3.5.2-hb890918_3
libcurl conda-forge/linux-64::libcurl-7.87.0-h6312ad2_0
libedit conda-forge/linux-64::libedit-3.1.20191231-he28a2e2_2
libev conda-forge/linux-64::libev-4.33-hd590300_2
libiconv conda-forge/linux-64::libiconv-1.17-hd590300_2
liblief conda-forge/linux-64::liblief-0.12.2-h27087fc_0
libmamba conda-forge/linux-64::libmamba-0.24.0-hd8a31e3_1
libmambapy conda-forge/linux-64::libmambapy-0.24.0-py37h1ee4b26_1
libnghttp2 conda-forge/linux-64::libnghttp2-1.51.0-hdcd2b5c_0
libsolv conda-forge/linux-64::libsolv-0.7.29-ha6fb4c9_0
libssh2 conda-forge/linux-64::libssh2-1.10.0-haa6b8db_3
libxml2 conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.14-h22db469_4
libzlib conda-forge/linux-64::libzlib-1.2.13-h4ab18f5_6
llvm-openmp conda-forge/linux-64::llvm-openmp-18.1.7-ha31de31_0
lz4-c conda-forge/linux-64::lz4-c-1.9.4-hcb278e6_0
lzo conda-forge/linux-64::lzo-2.10-hd590300_1001
mamba conda-forge/linux-64::mamba-0.24.0-py37h6dacc13_1
markupsafe conda-forge/linux-64::markupsafe-2.1.1-py37h540881e_1
patch conda-forge/linux-64::patch-2.7.6-h7f98852_1002
patchelf conda-forge/linux-64::patchelf-0.17.2-h58526e2_0
pkginfo conda-forge/noarch::pkginfo-1.10.0-pyhd8ed1ab_0
psutil conda-forge/linux-64::psutil-5.9.3-py37h540881e_0
py-lief conda-forge/linux-64::py-lief-0.12.2-py37hd23a5d3_0
pybind11-abi conda-forge/noarch::pybind11-abi-4-hd8ed1ab_3
python-libarchive~ conda-forge/linux-64::python-libarchive-c-4.0-py37h89c1867_1
pytz conda-forge/noarch::pytz-2024.1-pyhd8ed1ab_0
pyyaml conda-forge/linux-64::pyyaml-6.0-py37h540881e_4
reproc conda-forge/linux-64::reproc-14.2.4.post0-hd590300_1
reproc-cpp conda-forge/linux-64::reproc-cpp-14.2.4.post0-h59595ed_1
ripgrep conda-forge/linux-64::ripgrep-14.1.0-he8a937b_0
soupsieve conda-forge/noarch::soupsieve-2.3.2.post1-pyhd8ed1ab_0
toml conda-forge/noarch::toml-0.10.2-pyhd8ed1ab_0
yaml-cpp conda-forge/linux-64::yaml-cpp-0.7.0-h59595ed_3
zstd conda-forge/linux-64::zstd-1.5.6-ha6fb4c9_0
The following packages will be REMOVED:
libgomp-9.3.0-h5101ec6_17
The following packages will be UPDATED:
conda 4.14.0-py37h89c1867_0 --> 22.9.0-py37h89c1867_1
libgcc-ng pkgs/main::libgcc-ng-9.3.0-h5101ec6_17 --> conda-forge::libgcc-ng-14.1.0-h77fa898_0
libstdcxx-ng pkgs/main::libstdcxx-ng-9.3.0-hd4cf53~ --> conda-forge::libstdcxx-ng-14.1.0-hc0a3c3a_0
zlib pkgs/main::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 --> conda-forge::zlib-1.2.13-h4ab18f5_6
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
_libgcc_mutex pkgs/main::_libgcc_mutex-0.1-main --> conda-forge::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
_openmp_mutex pkgs/main::_openmp_mutex-4.5-1_gnu --> conda-forge::_openmp_mutex-4.5-2_kmp_llvm
openssl pkgs/main::openssl-1.1.1w-h7f8727e_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1w-hd590300_0
Downloading and Extracting Packages
jinja2-3.1.4 | 109 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libsolv-0.7.29 | 460 KB | ######################################################################################################################### | 100%
toml-0.10.2 | 18 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libev-4.33 | 110 KB | ######################################################################################################################### | 100%
soupsieve-2.3.2.post | 34 KB | ######################################################################################################################### | 100%
lzo-2.10 | 167 KB | ######################################################################################################################### | 100%
zstd-1.5.6 | 542 KB | ######################################################################################################################### | 100%
icu-70.1 | 13.5 MB | ######################################################################################################################### | 100%
pytz-2024.1 | 184 KB | ######################################################################################################################### | 100%
reproc-14.2.4.post0 | 33 KB | ######################################################################################################################### | 100%
openssl-1.1.1w | 1.9 MB | ######################################################################################################################### | 100%
patchelf-0.17.2 | 92 KB | ######################################################################################################################### | 100%
yaml-cpp-0.7.0 | 203 KB | ######################################################################################################################### | 100%
reproc-cpp-14.2.4.po | 25 KB | ######################################################################################################################### | 100%
zlib-1.2.13 | 91 KB | ######################################################################################################################### | 100%
ripgrep-14.1.0 | 1.6 MB | ######################################################################################################################### | 100%
libzlib-1.2.13 | 60 KB | ######################################################################################################################### | 100%
lz4-c-1.9.4 | 140 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libnghttp2-1.51.0 | 608 KB | ######################################################################################################################### | 100%
_libgcc_mutex-0.1 | 3 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libedit-3.1.20191231 | 121 KB | ######################################################################################################################### | 100%
mamba-0.24.0 | 45 KB | ######################################################################################################################### | 100%
bzip2-1.0.8 | 248 KB | ######################################################################################################################### | 100%
filelock-3.15.4 | 17 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libgcc-ng-14.1.0 | 822 KB | ######################################################################################################################### | 100%
python-libarchive-c- | 62 KB | ######################################################################################################################### | 100%
conda-22.9.0 | 960 KB | ######################################################################################################################### | 100%
krb5-1.20.1 | 1.3 MB | ######################################################################################################################### | 100%
libiconv-1.17 | 689 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libarchive-3.5.2 | 1.6 MB | ######################################################################################################################### | 100%
beautifulsoup4-4.12. | 115 KB | ######################################################################################################################### | 100%
markupsafe-2.1.1 | 22 KB | ######################################################################################################################### | 100%
psutil-5.9.3 | 348 KB | ######################################################################################################################### | 100%
liblief-0.12.2 | 2.1 MB | ######################################################################################################################### | 100%
llvm-openmp-18.1.7 | 55.9 MB | ######################################################################################################################### | 100%
c-ares-1.32.1 | 176 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libxml2-2.9.14 | 771 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libcurl-7.87.0 | 339 KB | ######################################################################################################################### | 100%
py-lief-0.12.2 | 1.6 MB | ######################################################################################################################### | 100%
conda-build-3.22.0 | 559 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libmamba-0.24.0 | 1.4 MB | ######################################################################################################################### | 100%
libmambapy-0.24.0 | 276 KB | ######################################################################################################################### | 100%
patch-2.7.6 | 121 KB | ######################################################################################################################### | 100%
_openmp_mutex-4.5 | 6 KB | ######################################################################################################################### | 100%
pyyaml-6.0 | 178 KB | ######################################################################################################################### | 100%
glob2-0.7 | 11 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libstdcxx-ng-14.1.0 | 3.7 MB | ######################################################################################################################### | 100%
pkginfo-1.10.0 | 27 KB | ######################################################################################################################### | 100%
libssh2-1.10.0 | 234 KB | ######################################################################################################################### | 100%
keyutils-1.6.1 | 115 KB | ######################################################################################################################### | 100%
pybind11-abi-4 | 10 KB | ######################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Retrieving notices: ...working... done
Installing bcbio-nextgen
--2024-07-14 16:38:48-- https://raw.githubusercontent.com/bcbio/bcbio-nextgen/master/requirements-conda.txt
Resolving raw.githubusercontent.com (raw.githubusercontent.com)... 185.199.108.133, 185.199.111.133, 185.199.110.133, ...
Connecting to raw.githubusercontent.com (raw.githubusercontent.com)|185.199.108.133|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 20 [text/plain]
Saving to: ‘requirements-conda.txt’
requirements-conda.txt 100%[==================================================================================>] 20 --.-KB/s in 0s
2024-07-14 16:38:48 (1.17 MB/s) - ‘requirements-conda.txt’ saved [20/20]
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: / Traceback (most recent call last):
File "bcbio_nextgen_install.py", line 306, in <module>
main(parser.parse_args(), sys.argv[1:])
File "bcbio_nextgen_install.py", line 50, in main
bcbio = install_conda_pkgs(anaconda, args)
File "bcbio_nextgen_install.py", line 114, in install_conda_pkgs
subprocess.check_call([mamba_bin, "install", "--yes", "--only-deps", "bcbio-nextgen"], env=env)
File "/usr/lib/python3.8/subprocess.py", line 364, in check_call
raise CalledProcessError(retcode, cmd)
subprocess.CalledProcessError: Command '['/usr/local/share/bcbio/anaconda/bin/conda', 'install', '--yes', '--only-deps', 'bcbio-nextgen']' died with <Signals.SIGKILL: 9>.
Description of the issue
I am trying to install bcbio as per the user manual in a WSL2 Ubuntu environment. The installation invariably fails and throws the error message copied above.
I have tried switching to Ubuntu 22.04 to 20.04, but got the same outcome.
Also, this issue seems to suggest that installing in-VM isn't supported. To check whether this is the source of my problem, I also tried to install on a proper, non-WSL Ubuntu 18.04 freshly installed - same error.
Is there any known fix for this, or, alternatively, a trusted Docker image I could use?
Version info
bcbio_nextgen.py --version): 1.2.9lsb_release -ds):To Reproduce
Exact bcbio command you have used:
and
Your yaml configuration file:
Log files (could be found in work/log)
Description of the issue
I am trying to install
bcbioas per the user manual in a WSL2 Ubuntu environment. The installation invariably fails and throws the error message copied above.I have tried switching to Ubuntu 22.04 to 20.04, but got the same outcome.
Also, this issue seems to suggest that installing in-VM isn't supported. To check whether this is the source of my problem, I also tried to install on a proper, non-WSL Ubuntu 18.04 freshly installed - same error.
Is there any known fix for this, or, alternatively, a trusted Docker image I could use?