srainstall.md

Work-around zur Installation des SRA-Toolkits auf dem Mac

falls die Installation mit Conda nicht funktioniert

• Laden Sie die Binaries des Pakets hier herunter.

• Entpacken Sie die tar.gz-Datei und suchen Sie darin (im Unterverzeichnis bin) die Datei fastq-dump. Sie werden mehrere Versionen finden, die aber alle Verweise auf dieselbe Datei sind, fastq-dump-orig.3.3.0. Kopieren Sie diese in ein neues leeres Verzeichnis und benennen Sie sie um zu fastq-dump.

• Starten Sie ein Terminal, wechseln Sie mit cd in das eben erstellte Verzeichnis mit der fastq-dump-Datei

• Tippen Sie: ./fastq-dump. Wenn dies funktioniert, können Sie nun fastq-dump verwenden (mit vorangestellten ./, was in der Kommandozeile bedeutet, dass die Datei mit dem gewünschtem Programm im aktuellen Verzeichnis ist)

• Eventuell weigert sich Ihr Mac, die Datei auszuführen, weil Sie sie vom Internet herunter geladen haben. In diesem Fall gehen Sie in Ihrer Systemsteuerung in den Bereich "Privatsphäre und Sicherheit" und suchen dort den Abschnitt zur Ausführung von Apps. Dort sollte nun fastq-dump aufgeführt sein, mit einem Button daneben, um die Ausführung dieser Datei ausnahmsweise zuzulassen. Klicken Sie den Button, und probieren Sie dann nochmals ./fastq-dump im Terminal.