Following the tutorial
>>> python surf2ord.py data/surf_template.txt data/surf_template.pbtxt --username "Alex Mueller" --email "alex.mueller@roche.com"
This error occurs:
Transforming SURF to ORD... ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0% -:--:--
╭─────────────────────────────── Traceback (most recent call last) ────────────────────────────────╮
│ /Users/nhadler/Desktop/surf/surf2ord.py:112 in surf2ord │
│ │
│ 109 │ │ │ logger.error(f"Reaction ID missing! Can't process reaction {idx}") │
│ 110 │ │ │ continue │
│ 111 │ │ else: │
│ ❱ 112 │ │ │ reaction.identifiers.add(type="NAME", value=row.rxn_id) │
│ 113 │ │ │
│ 114 │ │ # add further identifiers │
│ 115 │ │ rxn_name = [row[n] for n in row.keys() if n in ("rxn_name", "rxn_tech", "rxn_typ │
│ │
│ ╭─────────────────────────────────────────── locals ───────────────────────────────────────────╮ │
│ │ delimiter = '\t' │ │
│ │ df = │ │ │ rxn_id source_id source_type ... │ │
│ │ product_1_yieldtype │ │
│ │ provenance procedure │ │
│ │ 0 lsf_lit_minisci_1 10.1021/jo9010624 publication ... │ │
│ │ UNKNOWN Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com 0000-00... NaN │ │
│ │ 1 lsf_lit_minisci_2 10.1021/jo9010624 publication ... │ │
│ │ UNKNOWN Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com 0000-00... NaN │ │
│ │ 2 lsf_lit_minisci_3 10.1021/jo9010624 publication ... │ │
│ │ UNKNOWN Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com 0000-00... NaN │ │
│ │ 3 lsf_lit_minisci_4 10.1021/acs.orglett.8b02988 publication ... │ │
│ │ UNKNOWN Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com 0000-00... NaN │ │
│ │ 4 lsf_lit_minisci_5 10.1021/acs.orglett.8b02988 publication ... │ │
│ │ UNKNOWN Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com 0000-00... NaN │ │
│ │ │ │
│ │ [5 rows x 39 columns] │ │
│ │ email = 'alex.mueller@roche.com' │ │
│ │ err = False │ │
│ │ idx = 0 │ │
│ │ input_file = 'data/surf_template.txt' │ │
│ │ invalid = [] │ │
│ │ orcid = None │ │
│ │ organization = None │ │
│ │ output_file = 'data/surf_template.pbtxt' │ │
│ │ overwrite_provenance = False │ │
│ │ reaction = <class 'rich.pretty.Node'>.__repr__ returned empty string │ │
│ │ reactions = [] │ │
│ │ row = rxn_id │ │
│ │ lsf_lit_minisci_1 │ │
│ │ source_id │ │
│ │ 10.1021/jo9010624 │ │
│ │ source_type │ │
│ │ publication │ │
│ │ rxn_type alkylation minisci │ │
│ │ standard │ │
│ │ temperature_deg_c │ │
│ │ 60 │ │
│ │ time_h │ │
│ │ 0.5 │ │
│ │ atmosphere │ │
│ │ AIR │ │
│ │ stirring_shaking │ │
│ │ UNSPECIFIED │ │
│ │ scale_mol │ │
│ │ 0.0005 │ │
│ │ concentration_mol_l │ │
│ │ 0.1 │ │
│ │ catalyst_1_cas │ │
│ │ 7782-63-0 │ │
│ │ catalyst_1_eq │ │
│ │ 0.6 │ │
│ │ catalyst_1_smiles │ │
│ │ [Fe].O=S(=O)(O)O.O │ │
│ │ reagent_1_cas │ │
│ │ 7664-93-9 │ │
│ │ reagent_1_eq │ │
│ │ 3 │ │
│ │ reagent_1_smiles │ │
│ │ O=S(=O)(O)O │ │
│ │ reagent_2_cas │ │
│ │ 7722-84-1 │ │
│ │ reagent_2_eq │ │
│ │ 6.0 │ │
│ │ reagent_2_smiles │ │
│ │ OO │ │
│ │ solvent_1_cas │ │
│ │ 7732-18-5 │ │
│ │ solvent_1_fraction │ │
│ │ 0.06 │ │
│ │ solvent_1_smiles │ │
│ │ O │ │
│ │ solvent_2_cas │ │
│ │ 67-68-5 │ │
│ │ solvent_2_fraction │ │
│ │ 0.94 │ │
│ │ solvent_2_smiles │ │
│ │ O=S(C)C │ │
│ │ startingmat_1_cas │ │
│ │ 26272-85-5 │ │
│ │ startingmat_1_eq │ │
│ │ 2 │ │
│ │ startingmat_1_smiles │ │
│ │ IC1COC1 │ │
│ │ startingmat_2_cas │ │
│ │ 184475-35-2 │ │
│ │ startingmat_2_eq │ │
│ │ 1 │ │
│ │ startingmat_2_smiles │ │
│ │ FC1=CC=C(C=C1Cl)NC=2N=CN=C3C=C(OC)C(OCCCN4CCOC... │ │
│ │ product_1_cas │ │
│ │ 1180654-05-0 │ │
│ │ product_1_ms MS Found: │ │
│ │ 503.1800 │ │
│ │ product_1_nmr 1H NMR (400 MHz; CDCl3) δ 8.01 (dd, J = 6.5, │ │
│ │ 2... │ │
│ │ product_1_smiles │ │
│ │ FC1=CC=C(C=C1Cl)NC=2N=C(N=C3C=C(OC)C(OCCCN4CCO... │ │
│ │ product_1_yield │ │
│ │ 13 │ │
│ │ product_1_yieldtype │ │
│ │ UNKNOWN │ │
│ │ provenance Alex T. Mueller alex.mueller@roche.com │ │
│ │ 0000-00... │ │
│ │ Name: 0, dtype: object │ │
│ │ username = 'Alex Mueller' │ │
│ │ validate = True │ │
│ │ validate_cat_smls = False │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
ValueError: unknown enum label "NAME"This also happens with a dataset I've formatted myself. The other conversion scripts don't appear to have this issue.
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This also happens with a dataset I've formatted myself. The other conversion scripts don't appear to have this issue.