第22回 PHASE/0 利用講習会の準備と反省

[matelier]

2025年8月21日(木) 13：00-17：00
東京大学 生産技術研究所 As棟 中セミナー室4

https://azuma.nims.go.jp/events/semi2025/semi20250821

[matelier]

並列数の決め方では

https://phase0-tutorial-wsl.readthedocs.io/ja/latest/sup.html#id6

通常バンド並列数がバンド数を超えることはなく，あったとしてもPHASE/0は問題なく動作する

と説明されていますが、

こちらwsl/V/ref/Heatmのサンプル（バンド数: 4）を8並列（k点一つなので、バンド8並列）で実行するとエラーで終了しました。

###ERROR(2104) Number of band-parallelization is greater than number of bands(neg).

[matelier]

（すでにどこか別の場所に書いたような気がしないでもないですが）
5. 点欠陥の生成エネルギーの計算
https://phase0-tutorial-wsl.readthedocs.io/ja/latest/defect.html#defect-chapter
の入力ファイルについて。

格子の指定が、refを除いて以下のようになっています。

    unit_cell{
        #units angstrom
        a_vector = 5.9799971975 0.00 0.00
        b_vector = 0.00 5.9799971975 0.00
        c_vector = 0.00 0.00 5.9799971975
    }

ref/Vは

    unit_cell{
        #units angstrom
        a_vector = 5.98 0.00 0.00
        b_vector = 0.00 5.98 0.00
        c_vector = 0.00 0.00 5.98
    }

です。

オリジナルの入力ファイルでは5.98オングストロームが設定されていて、それが計算実行の際にBohrに変換されて、それ（例えばnfdynm.data）をオングストロームに戻す際に定数が少し違って5.9799971975になってしまっているのでしたら、（全ての入力ファイルで）5.98に統一した方がわかりやすいと思います。

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不純物が入った計算（self/tetraを除きます）入力ファイルに記載されている原子座標の作り方（？）が不明です。
ある程度構造緩和を進めた座標値が設定されているように感じました。
（除外したself/tetraは、初期原子配置は"理想的"な座標が設定されていて、構造の収束に少々時間を要します。）

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self/vacancyは、以下の座標が入力ファイルnfinp.dataに設定されています。

        atoms{
            #units angstrom
            #tag element rx ry rz mobile
             V 0.2442507795 0.2442507795 0.2442507795 1
             V 0.00 0.00 0.50 1
             V 0.2442507795 0.2442507795 0.7557492205 1
             V 0.00 0.50 0.00 1
             V 0.2442507795 0.7557492205 0.2442507795 1
             V 0.00 0.50 0.50 1
             V 0.2442507795 0.7557492205 0.7557492205 1
             V 0.50 0.00 0.00 1
             V 0.7557492205 0.2442507795 0.2442507795 1
             V 0.50 -0.00 0.50 1
             V 0.7557492205 0.2442507795 0.7557492205 1
             V 0.50 0.50 -0.00 1
             V 0.7557492205 0.7557492205 0.2442507795 1
             V 0.50 0.50 0.50 1
             V 0.7557492205 0.7557492205 0.7557492205 1
        }

symmetry{ method = automatic }な計算で、高い対称性を考慮して計算されるようです。

impurity/He_subも同様です。
こちらは、対称性（空間群）を無効にして、原子配置を少し変えると、（対称性が低いと思われる）より安定な状態に至りました。
全エネルギーが0.1 eV以上低下しました。

不純物置換の場合には、対称性を考慮しない方が（最安定な原子配置を探す観点からは）良いことを（受講者の方々に）お伝えすることが望ましいと思います。

（計算実行に時間を要することはデメリットになり得ますが、収束構造に近い原子配置を入力ファイルに書き込んでおけば解消が期待できます。）

[matelier]

告知には
https://azuma.nims.go.jp/events/semi2025/semi20250821

本講習会は、PHASE/0をはじめとするソフトウェアが正しくインストールされていることを前提に開始されます。各自インストールしてからご参加ください。

とありますが、「PHASE/0をはじめとするソフトウェア」が何を指すのか定かでありません。
VESTAをインストールしてない人がいても、おかしくありません。
（少なくとも参加者向けには）具体的にしましょう。

• Ubuntu、など（リンク先に従う; 未解決？問題：Ubuntuバージョン指定、ZIP伸長、bcコマンド）
  https://github.com/Materials-Science-Software-Consortium/phase0_install/blob/main/WSL/README.md
• VESTA
• (MobaXterm; インストールされていることを前提にすれば、省ける説明があります。テキストエディタ問題も解決。)

また、「事前に例題をダウンロードしてください」もハッキリ書いた方が良いと思います。（当日ネットワークを用意する場合は不要）

[matelier]

本日開催されました。お疲れ様でした。

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相変わらず、ファイル共有でのトラブルあり。

WSLからWindowsのファイルシステムを参照する際に、

/mnt/c/Users/[ユーザー名]/

が使えない場合がありました。「ユーザー名」に相当するフォルダがわからない。

ユーザー名は全角文字でした。

（帰宅後に）試しに全角文字のユーザー名のアカウントを作ってみましたが、上記パスでアクセスできました。
試したのは、ローカルアカウント。
Microsoftアカウントだったのか？別の要因なのか？わかりません。

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EV曲線のプロットコマンドを示した方が良いと思いました。

https://phase0-tutorial-wsl.readthedocs.io/ja/latest/si.html#si-ev

（keyやラベルは重要でなく、計算値とフィッティング結果を示すことが重要、と思います。）

[junnara]

開催案内（Azumaのページ）に以下を記載
・VESTAのダウンロード
・テキストはpdf形式でダウンロード出来ること、講習にはそれを印刷してきてもらうこと
・例題ファイルをUbuntuのディレクトリにコピー（転送）しておくこと

開催数日前にリマインドを送って以下を注意喚起（ところどころ読んでいない参加者がいたため、簡潔に）
・PHASE/0のダウンロード、コンパイル
・上記3点